開發單商戶多門店掃碼點餐小程序系統涉及多個關鍵步驟和技術要點，以下是一個基本的開發流程：

1. ?注冊微信小程序賬號?：首先，你需要在微信公眾平臺注冊一個微信小程序賬號，并了解微信小程序開發相關的文檔和規范?。

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3. ?設計小程序界面?：使用微信小程序開發工具設計商家版掃碼點餐小程序的界面，包括門店列表、菜單展示、下單頁面等功能?。

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5. ?搭建后臺數據庫?：建立一個后臺數據庫用于存儲菜單、訂單信息等數據，推薦使用MySQL或其他常見的數據庫管理系統?。

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7. ?開發后臺管理系統?：為商家提供一個后臺管理系統，用于添加菜單、處理訂單、查看統計數據等功能?。

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9. ?編寫后臺接口?：在后臺服務器上編寫接口，用于小程序與后臺數據庫的交互，包括獲取菜單信息、提交訂單等功能?。

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11. ?實現掃碼點餐功能?：通過小程序中的掃碼功能，使顧客可以掃描二維碼進入點餐頁面，瀏覽菜單并下單?。

1. ?處理支付功能?：集成微信支付功能，顧客可以在小程序內完成支付，減少等待時間?。

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3. ?測試與部署?：在完成開發后，進行小范圍測試，確保功能正常運行后再發布上線?。

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此外，對于單商戶多門店的模式，還需要在小程序端、后臺管理系統以及數據庫中實現多門店的功能，包括門店列表、門店管理模塊以及門店表和菜單表的設置?。

在實際開發過程中可能會遇到各種技術難題，建議查閱相關文檔或尋求開發者社區的幫助?